Το λογότυπο του ΚΕΣ σχεδιάστηκε για να τονίσει τις καταβολές του Κέντρου και την πολυδιάστατη ταυτότητά του, ενώνοντας το Harvard, το Κέντρο Ελληνικών Σπουδών στις ΗΠΑ και τον Ελληνισμό, όλα σε ένα μέρος. Έχει ωοειδές σχήμα και στο πάνω μέρος του γράφεται περιμετρικά η ονομασία «Κέντρο Ελληνικών Σπουδών» με ελληνικά γράμματα, ενώ στο κάτω πάλι περιμετρικά βρίσκονται οι λέξεις «Πανεπιστήμιο Harvard». Δύο ξεχωριστά λογότυπα βρίσκονται στο κέντρο του: πάνω το λογότυπο του Κέντρου στις ΗΠΑ, η εικόνα του Φάρου της Αλεξάνδρειας· ενώ κάτω το εμβληματικό λογότυπο του Πανεπιστημίου Harvard, η βαθυκόκκινη ασπίδα που περιέχει το λατινικό ρητό «VE-RI-TAS» (στα ελληνικά: ΑΛΗΘΕΙΑ) γραμμένο σε τρία ανοιχτά βιβλία. Τα δύο λογότυπα στο κέντρο έχουν μεταξύ τους τρεις γραμμές με τις λέξεις «Κέντρο Ελληνικών Σπουδών Πανεπιστήμιο Harvard» στα αγγλικά.